Es la Segunda Guerra Mundial y 1942, y los Aliados están planeando una invasión en la costa mediterránea con un gran convoy de barcos. Sin embargo, cerca del lugar de desembarco hay convoyes de barcos y aviones enemigos que atacarán a la flota invasora cuando lleguen. Eres el capitán de un solitario submarino en la zona y debes destruir todos los barcos y aviones que puedas antes de que llegue la flota o serás destruido.
Operation Swordfish es un juego de disparos en primera persona con la acción en toda la pantalla mientras disparas a los aviones con tu cañón y a los barcos con los torpedos. Hay dos modos de juego entre los que tienes que ir cambiando y que son el modo pistola y el modo torpedo. En el modo pistola controlas un cañón que puedes mover a la izquierda y a la derecha, y cuya altura también puedes ajustar. Utilizas este modo para derribar los aviones enemigos que llegan hacia ti intentando bombardearte. Si algún barco se mueve por la pantalla, puedes cambiar al modo torpedo. Controlas una mira y la alineas con cualquier barco y pulsas fuego para lanzar un torpedo.
