Flying Froggies es un juego para un solo jugador controlado por el teclado en el que los jugadores recorren una serie de niveles para recoger monedas, matar a todos los monstruos y desbloquear las salidas. Los niveles son como un "laberinto cósmico" y todos tienen límites de tiempo. Los monstruos se matan golpeándolos con una sustancia viscosa verde, que los inmoviliza para que el jugador pueda empujarlos del camino a las profundidades de abajo; sin embargo, los jugadores pueden caer con demasiada fuerza y acabar con ellos.
El juego cuenta con sonido, música y una tabla de puntuaciones y puede jugarse en modo ventana o pantalla completa.