Freedom Force regresa en esta secuela del juego de estrategia de superhéroes original de 2002. Luchando contra la amenaza del Invierno Nuclear en la nieve de Cuba, Freedom Force permite involuntariamente que el Timemaster conquistado caiga en las manos equivocadas. La crisis temporal resultante retuerce la realidad en torno a Freedom Force, sumergiéndolos en un 1963 alternativo en el que el "Eje del Mal original" ganó la Segunda Guerra Mundial.
Ahora Freedom Force debe poner las cosas en su sitio. Viajar en el tiempo y enfrentarse al Eje pone al equipo al límite, pero la Edad de Oro fue una época de héroes y villanos. Blackjack, Tricolor y el Rey del Cielo son sólo algunos de los nuevos héroes disponibles para combatir la amenaza combinada de Fortissimo, Blitzkrieg y Sol Rojo. Además, un módulo de creación de personajes renovado facilita el envío de héroes caseros a la batalla.
Manteniendo la estrategia basada en escuadrones de superhéroes del juego original, esta secuela cuenta con gráficos de vanguardia, más personajes, misiones multijugador basadas en la historia y una Sala de Rumble donde los jugadores pueden pasar directamente a la acción.