En The Challenge of the Matrix el jugador controla una pelota en las cuatro direcciones cardinales en un campo formado por fichas cuadradas. El objetivo es eliminar todas las fichas rodando sobre ellas. Hay que evitar rodar sobre el espacio vacío, porque disminuye la barra de energía de la bola. Una vez que la energía se agota, el juego termina. Los niveles posteriores introducen obstáculos, baldosas con efectos especiales y baldosas sobre las que hay que rodar varias veces para hacerlas desaparecer.
