C'est la Seconde Guerre mondiale, en 1942, et les Alliés préparent une invasion de la côte méditerranéenne avec un grand convoi de navires. Cependant, près du site d'atterrissage se trouvent des convois de navires et d'avions ennemis qui attaqueront la flotte d'invasion à leur arrivée. Vous êtes le capitaine d'un sous-marin solitaire dans la zone et vous devez détruire autant de navires et d'avions que possible avant l'arrivée de la flotte ou vous serez détruit.
Operation Swordfish est un jeu de tir à la première personne avec de l'action en plein écran alors que vous abattez les avions avec votre canon et les navires avec des torpilles. Il y a deux modes de jeu entre lesquels vous devez passer, à savoir le mode pistolet et le mode torpille. En mode canon, vous contrôlez un canon que vous pouvez déplacer à gauche et à droite, et dont vous pouvez également régler la hauteur. Vous utilisez ce mode pour abattre les avions ennemis qui viennent vers vous en essayant de vous bombarder. Si un navire traverse l'écran, vous pouvez passer en mode torpille. Vous contrôlez une lunette, l'alignez sur n'importe quel navire et appuyez sur le feu pour lancer une torpille.
