Deep Fortress est un shareware à défilement latéral. Le joueur contrôle un hélicoptère et doit se battre à travers les lourdes défenses d'une forteresse pour sauver les hauts fonctionnaires capturés à l'intérieur.
L'hélicoptère du joueur dispose de plusieurs armes puissantes, dont une mitrailleuse et plusieurs types de missiles. Toutes les armes partagent la même réserve de munitions, et chaque arme nécessite une certaine quantité de munitions par tir. Les munitions peuvent être réapprovisionnées en collectant des power-ups dispersés dans le niveau. Les armures sont réparées de la même manière.
Il y a sept niveaux dans le jeu, mais seul le premier est disponible dans la version shareware. Dans chaque niveau, la mission du joueur est de prendre d'assaut un des bunkers de la forteresse et de détruire le générateur de bouclier, afin d'accéder au bunker suivant. Les forces adverses comprennent des hélicoptères, des véhicules terrestres et des troupes ennemies.
