Blue Boy est un hybride de beat-em-up et de shoot-em-up, et est un pionnier du jeu moderne de "défense de tour". Les joueurs jouent le rôle du super-héros volant "Blue Boy" et volent autour du monde pour arrêter les attaques extraterrestres sur les grandes villes.
L'objectif de chaque niveau est d'empêcher les extraterrestres d'enlever les résidents qui se promènent dans le niveau. Blue Boy peut voler librement dans le niveau et utiliser des armes telles que des coups de poing et des lasers pour éliminer la menace extraterrestre. Si les aliens parviennent à capturer un humain, le joueur doit rapidement éliminer le ravisseur avant qu'ils ne s'envolent tous les deux hors du niveau. Les ennemis peuvent apparaître n'importe où, donc, comme dans "Missile Command", l'ordre de réponse doit être soigneusement étudié. Certains extraterrestres attaqueront directement le joueur plutôt que d'enlever des humains. Les humains qui sont libérés de leurs ravisseurs sont libérés de leurs cocons et gagnent des bonus tels que des armes supplémentaires, des bombes intelligentes et des vies supplémentaires, mais ce faisant, ils peuvent être distraits par d'autres enlèvements en cours.
Une fois que tous les aliens ont été éliminés et qu'il ne reste plus d'humains, l'attaque est terminée. Chaque ville comporte deux vagues d'attaque et un combat de boss avec un vaisseau spatial. Le jeu se termine lorsque Blue Boy est éliminé ou que tous les humains sont enlevés. Une mini-carte similaire à celle de Defender permet aux joueurs de garder la trace des aliens et des humains dans le niveau.
