Des flottes de vaisseaux extraterrestres approchent rapidement de la Space Fortress ! Ils sont écrasants et il n'y a aucune chance de victoire. Cependant, on peut les retarder le plus longtemps possible. Les armes de la Space Fortress en détruiront le plus possible.
Space Fortress est un jeu de tir spatial statique. Le joueur est assis aux commandes de la Space Fortress et peut alterner entre la gestion des cibles (armes), l'allocation d'énergie, le contrôle des dégâts, la récupération et l'utilisation des powerups. À tout moment, l'image radar s'affiche à l'écran pour montrer tout navire ennemi en approche. En prenant le contrôle des armes, le joueur peut tirer sur les ennemis en utilisant plusieurs types d'armes différents. Chacun d'eux consomme de l'énergie, et les coups portés par les ennemis épuisent le bouclier de la Space Fortress. Les ennemis vaincus laissent des bonus qui doivent être récupérés avec des sondes et ramenés à la Space Fortress pour être utilisés. Le jeu se termine lorsque la Space Fortress est vaincue: soit parce que son réacteur devient critique, soit parce qu'elle perd tout son oxygène et ses systèmes de survie.