Keio Flying Squadron segue le avventure di Rami, il piccolo membro dello squadrone volante vestito da coniglietto e incaricato di proteggere lo 'Special Sacred Object'. Purtroppo, all'inizio del gioco, l'oggetto in questione viene rubato dal malvagio Dr. Pon, così Rami salta a bordo del suo fidato drago per inseguire il Dr. Pon.
Il gioco si svolge come un classico sparatutto 2D con armi aggiornabili e personaggi opzionali, con un design distintamente cartoonesco e familiare. Presenta sette livelli e tre impostazioni di difficoltà.
