In The Challenge of the Matrix il giocatore controlla una palla nelle quattro direzioni cardinali su un campo di tessere quadrate. L'obiettivo è quello di eliminare tutte le tessere rotolandoci sopra. Evita di rotolare sullo spazio vuoto, perché la barra dell'energia della palla diminuisce. Una volta che l'energia si esaurisce, il gioco è finito. I livelli successivi introducono ostacoli, tessere con effetti speciali e tessere che bisogna far rotolare più volte per farle sparire.
