悪名高い宇宙のデルタ・セクターでは、邪悪なエイリアンであるアラン帝国が平和な4つの惑星を侵略していた。次は自分たちの番だと恐れた地球人たちは、先制攻撃として「アルマリート・フォース」を送り込む。当然のことながら、彼らは罠にかかり、1隻だけが生き残った。主人公は、占領された4つの惑星を解放して、アランの本拠地を攻撃しなければならない。
Armalyte: The Final Runは、C64版の名前と同様に、R-Typeに影響を受けた伝統的な横スクロールシューティングゲームで、プレイヤーの宇宙船は5つのレベルを通過することになっています。初期設定は、シンプルなフォワードショットと、ファイアボタンを押しながらチャージするパワーショットです。アップグレードは、3方向の前進ショット、2方向の垂直ショット、または1つの後退ショットの追加で構成されています(一度に3つのうち1つのみ)。また、船に取り付けて前方にレーザーを発射するポッドや、最後のレベルだけは自己誘導ミサイルもあります。
レベルにはたくさんの敵がいるだけでなく、酸の滴や鍾乳石の落下などの環境的な障害があります。あるとき、スクロールのスピードが速くなり、レベルがハザードコースになってしまうことがありました。各ステージの最後には、いつものようにラスボスが登場します。