宇宙ステーション「エウロパ1」が宇宙人に侵略された。ある銃撃戦では、核冷却システムが損傷し、数時間でメルトダウンを起こしてしまった。隊員の中でも最もタフな5人のチームとして、Europa-1に潜入してコントロールするのがあなたのミッションです。あなたは、ステーション全体のエイリアンを排除しなければなりません。
Zero Toleranceは、一人称視点のシューティングゲームです。それぞれのレベルで、すべてのエイリアンを殺すことが求められます(これが名前の由来です)。異なる能力を持つ5人のチームメンバーは、それぞれ異なる武器を持ってスタートし、最後までやり遂げるための5つのチャンスとなります。