Microsoft Baseball 2001 では、グラフィックスとは別に、ゲームプレイを強化するための新機能も導入されました。 最も注目すべき追加機能の 1 つは、プレイヤーが複数のシーズンにわたってチームを管理および構築できるフランチャイズ モードの組み込みでした。 これによりゲームに深みと戦略性が加わり、単なるカジュアルな野球シミュレーター以上のものになりました。 プレーヤーは、詳細なプレーヤー作成ツールを使用してチームのユニフォームやロゴをカスタマイズしたり、独自のプレーヤーを作成することもできます。
このゲームには、投手のワインドアップから打者のスイングに至るまで、すべてが現実の野球の動きを模倣するように細心の注意を払って設計されたリアルなアニメーションも備えられていました。 ゲームプレイはペースが速く、応答性が高く、プレイヤーは投球、守備、打撃を簡単に切り替えることができる直感的なコントロールを備えていました。 コンピューター制御のチームの AI も改良され、ゲームは挑戦的で予測不可能なものになりました。