Het is de Tweede Wereldoorlog en 1942, en de Geallieerden plannen een invasie van de Middellandse Zeekust met een groot konvooi schepen. In de buurt van de landingsplaats bevinden zich echter konvooien van vijandelijke schepen en vliegtuigen die de binnenvallende vloot zullen aanvallen wanneer zij aankomen. Je bent de kapitein van een eenzame onderzeeër in het gebied en je moet zoveel mogelijk schepen en vliegtuigen vernietigen voordat de vloot arriveert of je zult worden vernietigd.
Operation Swordfish is een first person shooter met full screen actie terwijl je de vliegtuigen neerschiet met je kanon en de schepen met torpedo's. Er zijn twee spelmodi waartussen je moet schakelen, namelijk gun mode en torpedo mode. In de gun mode bestuur je een kanon dat je naar links en rechts kunt bewegen, en waarvan je de hoogte ook kunt aanpassen. Je gebruikt deze modus om vijandelijke vliegtuigen neer te schieten die op je af komen en je proberen te bombarderen. Als een schip over het scherm beweegt, kun je overschakelen op torpedomodus. Je bestuurt een vizier, lijnt het uit met een schip en drukt op vuur om een torpedo te lanceren.
