Sidewinder is een side-scrolling shooter. De speler kruipt in de huid van de enige overlevende van een team agenten dat erop uitgestuurd is om de Sidewinder helikopter te veroveren. Als piloot moet de speler ontsnappen door grotten die worden bewaakt door een vijandelijk beveiligingssysteem. De geavanceerde technologie van de Sidewinder betekent een hoog brandstofverbruik. Om de helikopter bij te tanken, moet de speler schieten op de brandstofpods die op verschillende plaatsen in de spelonken zijn verspreid. Om naar het volgende level te gaan, moet de speler het landingsplatform aan het einde van de grot bereiken.