Een mysterieus pakketje arriveert van een oude vriend die je hulp vraagt bij het ontrafelen van een enorme samenzwering die leidt tot een buitenaardse invasie van de Aarde. Het pakket bevatte een communicator met geheime gecodeerde regeringsbestanden. Jouw vriend, Kelsey Hart, kon ontsnappen maar had de communicator niet. Ze zegt je Area 51 binnen te gaan, de bestanden te ontsluiten en de communicator naar haar safe house te sturen. Als je dat doet, onthul je aan de wereld het verschrikkelijke geheim dat de regering al tientallen jaren verbergt.
Je personage, John, gaat naar een verlaten uraniummijn die leidt naar de achterdeur van de Roswell-basis in Nevada. Hier begint de eerste test van het spel. De ingang van de mijn is geblokkeerd door een groot rotsblok, en John moet de voorwerpen vinden die nodig zijn om de mijn te openen. Hij trekt zijn conciërge-uniform aan en verkent de maximaal beveiligde zone van de basis om de informatie te vinden die hij nodig heeft.
