Scorpius is een horizontaal scrollende shooter waarin de speler kan kiezen om een van de drie beschikbare ruimteschepen te besturen op hun weg door exotische planeten die bevolkt worden door vijandige buitenaardse rassen. De schepen variëren in vorm en gebruiken aangepaste versies van basiswapentypes. Elk schip begint met een wapen met lage schade en kan het wapen upgraden en veranderen in strooivuur, langzame maar krachtige straalaanval, en andere. De schepen zijn ook uitgerust met een klauwachtige staart, die met een aparte knop wordt geactiveerd. De staart kan vijanden aanvallen met cirkelvormige bewegingen en trekt zich terug naar het schip. De meeste fasen vereisen het afwisselen tussen vuurwapens en de staart om succesvol te voltooien.
