Phobos '99 is een arcade-puzzelspel, dat zich afspeelt in het jaar 2099 in het laboratorium-fort dat in de baan cirkelt van Phobos, kunstmatige satelliet van Mars. Het laboratorium op Phobos is achtergelaten door een mysterieuze beschaving die duizenden jaren geleden is uitgestorven en nu de veiligheid van de Aarde bedreigt. Een nieuwe generatie van gespecialiseerde robots wordt op een missie gestuurd om het te vernietigen.
De missie is om de splijtstof te verzamelen die over het station verspreid ligt. Na het bereiken van een kritische massa zal de explosie het laboratorium vernietigen. In de opeenvolgende levels krijgt de robot te maken met vijandige wezens, zoals spinnen en spoken, maar ook met omgevingselementen, zoals ijs en radioactieve vallen. Bij gelijke kansen krijgt de robot hulp in de vorm van spookjagers, extra leven, extra kracht, magneetkaart-openende bruggen. Alles wordt aangevuld met bewegende looppaden en teleports.
Er zijn in totaal 100 levels. Er is geen mogelijkheid om het spel op te slaan - na het voltooien van elk level krijgt de speler de levelcode.
