Um meteoróide mortífero chamado Dume está prestes a destruir a Terra, e cabe ao jogador impedi-lo. Baseado na série televisiva Disney e PBS, Bill Nye the Science Guy: Stop the Rock! é um jogo de vídeo que coloca o jogador no lugar de um investigador de laboratório para resolver sete puzzles científicos difíceis.
O Nyecom 3000 é uma ferramenta útil para resolver os enigmas e recolher informações sobre qualquer tópico relacionado com a ciência. Há muitos lugares diferentes a explorar no laboratório, tais como o Micro Lab para ver coisas diferentes usando um microscópio, o Ocean Comm Center para procurar respostas sobre o oceano e contactar Swell White Cap, bem como implantar o submarino ROSE, e o Sky Lab que lhe permite olhar em profundidade para os foguetes e ver como são lançados, bem como aceder ao tempo na Torre de Controlo. O jogo utiliza um temporizador para fazer com que o jogo se pareça com a vida real. Após cinco dias, o jogo termina.
O jogo apresenta personagens exclusivas do jogo, tais como Sam Andreas e Sue Nami.
