Um misterioso pacote chega de um velho amigo pedindo a sua ajuda para descobrir uma enorme conspiração que leva a uma invasão alienígena da Terra. O pacote continha um comunicador com ficheiros governamentais encriptados secretos. A sua amiga, Kelsey Hart, conseguiu escapar mas não tinha o comunicador. Ela diz-lhe para entrar na Área 51, desbloquear os ficheiros e enviar o comunicador para a sua casa segura. Ao fazê-lo, revelará ao mundo o terrível segredo que o governo tem vindo a esconder há décadas.
O seu personagem, John, irá dirigir-se a uma mina de urânio abandonada que leva à porta traseira da base de Roswell no Nevada. É aqui que começa o primeiro teste do jogo. A entrada da mina está bloqueada por uma grande rocha, e John tem de encontrar os artigos necessários para abrir a mina. Veste o seu uniforme de guarda e explora a área de segurança máxima da base para encontrar a informação de que necessita.
