Scorpius é um atirador de rolagem horizontal no qual o jogador pode escolher controlar uma das três naves espaciais disponíveis no seu caminho através de planetas exóticos povoados por raças alienígenas hostis. Os navios variam na forma e utilizam versões modificadas de tipos de armas básicas. Cada nave começa com uma arma de baixo dano e pode actualizar e mudar a arma para espalhar fogo, ataque lento mas poderoso de raio, e outros. Os navios estão também equipados com uma cauda em forma de garra, que é activada com um botão separado. A cauda pode atacar inimigos com movimentos circulares e retrair-se para trás em direcção ao navio. A maioria das fases requer alternância entre as armas de fogo e a cauda para ser completada com sucesso.
