O jogador assume o papel de Zak, um prisioneiro numa prisão planetária chamada 'Waste', e, claro, tem de fugir. Ao roubar uma nave espacial, luta-se através das forças de vigilância.
Foundations Waste é um disparo vertical em rolagem, no qual é necessário recolher armas extra, tais como um disparador lateral, escudos, um drone que pode ser controlado com o controlo inverso da nave do jogador, e algum tipo de mísseis de busca. Por vezes os power-ups são falsos, invertendo o seu controlo ou abrandando o seu navio. Perde-se todas as armas extra quando se morre ou se entra num novo nível.
As forças inimigas são tanques, navios, naves voadoras e, mais tarde, até naves espaciais. Cada nível apresenta um guarda de fim de nível, que pode ser destruído por pontos extra, mas pode mesmo ser passado se o seu poder de fogo for demasiado baixo nesse ponto.
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